Как и во многих других итерационных методах, в задаче обучения сети Кохонена и в методе динамических ядер важным является вопрос о хорошем выборе начального приближения (первоначальных значений ядер). Существует множество методов выбора начального приближения.

Наиболее простым способом решения этой задачи в случае, когда ядра являются точками того же пространства, что и объекты, является выбор в качестве начального приближения значений ядер значений объектов. Например первое ядро кладем равным первому объекту, второе — второму и т. д. К сожалению этот метод не работает когда пространство ядер и пространство объектов не совпадают. Далее будут приведены примеры классификаций, в которых пространства ядер и объектов различны.

Самым универсальным способом задания начального положения ядер является задание начального разбиения объектов на классы. При этом в начальном разбиении могут участвовать не все объекты. Далее решая задачу (4) получаем начальные значения ядер. Далее можно использовать метод динамических ядер.